公司決定設立分公司的，應按期辦理登記手續，使其規范運作;決定不設立的，也應盡快終止設立活動，撤銷相關文件，清退相關人員，決不能拖泥帶水。因為在分公司設立過程中所產生的相關債權債務要由做為“發起人”的本公司來承擔責任。一般來說設立分公司的，應當自決定作出或有關部門批準之日起30天內向公司（企業）登記機關申請登記。
分公司負責人的選聘。
分公司負責人可以說是分公司的核心部分，其對分公司的整個經營運作起到很關鍵的作用，其個人的行為往往就是代表分公司的行為。所以在確定人選時要非常謹慎。對不熟悉的人，在任命之前，一定要對其個人資信作一個全面的調查了解。特別在有掛靠、承包性質的分公司中，對主動上門尋求合作者，更不能只聽其片面之詞，而應對事對人都進行詳細調查，必要時也可要求其提供一定的擔保，明確雙方之間的權利義務，以防上當受騙。
規范分公司會計財務制度
由分公司會計人員做帳，本公司財務部做匯總與財務分析。依照規定，本公司應直接負責對分公司員工的招聘，所以，要用好人事權，對于像會計等關鍵的職員，應由本公司統一指派或招聘、管理，使其能獨立于分公司負責人，以免在財務上發生問題，損及公司利益。像震撼股市的鄭百文公司倒閉事件，倒閉的原因之一即為分公司的財務制度不健全，呈現在帳面上的逾期帳款如同天文數字一般。
明確本公司對分公司的指揮流程與分公司向本公司的報告流程
雖說分公司是在本公司之外的區域相對獨立的經營，但其作為本公司經營的一種延伸，其民事責任仍由本公司承擔，所以雙方不應各自為政，而應建立密切的聯絡機制，使本公司能對分公司進行有效的操縱，例如可規定對分公司大筆額的借貸等資金流動，明確應由本公司批復認可，否則由相應的人員承擔不利后果。
那么，從上述的內容中，大家知道答案了嗎？
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明確本公司對分公司的指揮流程與分公司向本公司的報告流程
雖說分公司是在本公司之外的區域相對獨立的經營，但其作為本公司經營的一種延伸，其民事責任仍由本公司承擔，所以雙方不應各自為政，而應建立密切的聯絡機制，使本公司能對分公司進行有效的操縱，例如可規定對分公司大筆額的借貸等資金流動，明確應由本公司批復認可，否則由相應的人員承擔不利后果。
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